税務調査とは、法人または個人事業主が提出した税務申告が、法律に基づき正確であるかどうかを、税務署または国税局が確認する調査のことです。税務調査には、「任意調査」と「強制調査（査察）」がありますが、一般の企業や個人事業主が受けるのは、ほとんどが任意調査となります。
任意調査では、いきなり税務職員がやってくるわけではなく、事前に調査の連絡があり、調査対象や日程などについて合意したうえで実施されます。調査は通常1〜2日間で終了しますが、調査の内容や規模によっては2日以上かかるケースもあります。

実際に、創業33年で顧客数1100件を超えるミネルバ税理士法人では、これまでに様々な業界の数多くの税務調査の対応実績があります。調査官との応対や資料の整理、現場での立ち会いなども含め、豊富な経験とノウハウをもとにお客様をサポートしています。「初めての税務調査で不安だったが、最後まで安心して任せられた」といった声も多く寄せられています。
ミネルバ税理士法人は、お客様にとっての「安心の防波堤」となり、調査官との橋渡しや調整役を担うことで、税務調査に対する不安や負担を最小限に抑えることを目指しています。

税務調査は、申告内容に何らかの異常値が見られた場合や、同業他社との比較で特異な点があった場合に選定されることがあります。以下に、税務調査が入るまでの標準的な流れをご紹介します。

1. 事前通知

税務調査が行われる前には、原則として税務署からの事前通知があります。これは、調査の目的、対象となる税目（法人税、消費税、源泉所得税など）、調査予定日などが伝えられます。この通知は通常、電話で行われます。税理士に依頼している場合には、税理士を通じて通知されることも多く、税理士事務所を通してやりとりをすることが多いです。

2. 日程調整

通知後、企業・事業主側と税務署との間で調査日の日程調整が行われます。原則として経営者様の都合も考慮されますが、あまりにも日程調整を引き延ばすことは避けた方が良いとされています。

3. 必要書類の準備

調査に備えて、次のような資料を準備します

• ・総勘定元帳
• ・補助簿
• ・決算書類（貸借対照表、損益計算書、勘定科目内訳書など）
• ・請求書、領収書
• ・人件費関連資料（給与台帳、源泉徴収簿、振込明細など）
• ・棚卸資産に関する資料

税務調査では、調査官に求められた資料を速やかに提出できることが求められます。普段から経理資料をきちんとまとめておくことでスムーズに対応することが可能です。

4. 調査当日

調査官が来社し、用意された書類を基にヒアリングや帳簿確認を行います。聞き取り調査では、内容に応じて売上計上や費用処理の根拠、業務実態に関する質問がされます。
調査は通常2日程度で終了しますが、内容によっては延長される場合もあります。調査結果はその場では伝えられず、後日報告されることが多いです。

税務調査では、申告内容が適正かどうかを確認するために、特定の勘定科目や取引に重点を置いて調査が行われるケースが多いです。特に以下の項目は注意をしておくと良いです。

売上の計上漏れ・先送り

• ・翌期の売上に、今期分が紛れ込んでいないか
• ・月末締めの処理が適切に行われているか

事例：あるIT業界のお客様では、受注ベースで売上を計上していたことが調査で指摘されましたが、ミネルバ税理士法人があらかじめ会計処理の根拠を整備していたことで、修正の必要はなく、スムーズに対応することができました。

仕入・外注費・売上原価の整合性

• ・架空外注の有無
• ・翌期に販売される商品の仕入れが適正に棚卸資産として処理されているか

事例：製造業（法人）のお客様で、外注費の増加が疑われましたが、実際には繁忙期の一時的な対応だったことを示す発注書や納品書を事前に整理し、調査官にも納得いただき、指摘はありませんでした。

棚卸資産の実在性・正確性及び現金管理と帳簿残高の一致

• ・棚卸が実施されているか
• ・在庫表と実在庫が一致しているか
• ・現金商売の事業では帳簿と現金の突合がきちんとできているか

事例：飲食店では、きちんと現金管理がされているかをチェックされます。定期的な現金棚卸のルールを導入していたため、調査当日の実査でも問題なく対応できました。

人件費の実在性・役員報酬の正当性

• ・タイムカードや振込記録による勤務実態の確認
• ・役員報酬の定期同額と議事録との整合性

事例：役員報酬について、税務署から「一時的な増額ではないか」と指摘されたケースでは、事前に整備された株主総会議事録により、問題がなかったことを証明できました。

経費の妥当性と事業関連性

• ・交際費の相手先、目的の記録
• ・翌期分の広告掲載費や、百貨店での支出などの個人使用の有無

事例：広告費が翌期掲載予定であったケースでは、契約書と掲載スケジュールを提出し、適切な処理であることが認められました。

調査が終了すると、後日「指摘事項の説明」や「修正申告の要否」についての連絡があります。指摘内容に基づいて修正申告を行う場合は、追徴税額や延滞税が発生する可能性があります。

税務調査をきっかけに、社内の経理処理や税務方針を見直す個人事業主様、法人様も少なくありません。ミネルバ税理士法人では、調査後のアフターフォローや、再発防止のための帳簿体制見直しも行っています。
「事前に税理士事務所に相談していれば修正申告せずに済んだんだろうな。。。」そうした後悔をしないためにも、日常からの適正な帳簿管理と専門家によるチェックが欠かせません。

税務調査は決して特別なことではなく、適切な準備と対応により乗り越えることができます。創業33年の信頼と実績をもつミネルバ税理士法人が、皆さまの安心と信頼のパートナーとして、税務リスクの最小化と経営の健全化を全力でサポートいたします。税理士事務所をお探しの方はお気軽にご相談ください。