いよいよ適用開始！インボイス制度に関する令和8年度税制改正の実務ポイント
発行： 2026.09.07
/いつもお世話になっております。
品川区五反田大手のミネルバ税理士法人でございます。
以前の週報（令和8年6月22日）でもお伝えしました通り、インボイス制度に関する令和8年度の税制改正による新たなルールが、いよいよ本年（令和8年）10月より順次適用されます。
今回の改正では、2割特例の終了や免税事業者等からの仕入税額控除の割合の引き下げなど、皆様の税負担や経理実務に直接影響を与える変更が行われます。
今回は、改正を間近に控えた今、企業や個人事業主の皆様に確認していただきたい実務上のポイントについてお伝えします。
1.2割特例の終了と簡易課税への円滑な移行
免税事業者からインボイス発行事業者になった方の負担を軽減していた「2割特例」は、令和8年9月30日までの日の属する課税期間をもって終了します。
法人の皆様は、これ以降に開始する課税期間から、原則課税または簡易課税のいずれかで申告を行うことになります。
これに伴い、簡易課税制度への円滑な移行措置が設けられています。
2割特例の適用を受けた翌課税期間に簡易課税を適用したい場合、本来であれば課税期間の初日の前日までに提出が必要な「簡易課税制度選択届出書」を、その申告期限までに提出すればよいこととされました。
例えば、9月決算の法人が、今期（令和8年9月期）に2割特例の適用を受け、来期から簡易課税を適用したい場合は、来期の申告期限である令和9年11月末までに提出すれば適用可能です。
2.個人事業者限定の「3割特例」の活用
個人事業者の皆様については、令和9年分および令和10年分の消費税申告において、納付税額を売上税額の3割に抑えることができる「3割特例」が創設されました。
この特例は事前の届出が不要で、申告書の所定欄に記載するだけで適用できます。
しかし、必ずしも3割特例が有利とは限りません。
例えば、卸売業（みなし仕入率90％）や小売業（みなし仕入率80％）などを営む方は、簡易課税制度を選択した方が納税額が少なくなる可能性が高いです。
ご自身の事業区分を踏まえ、より有利な計算方法をご判断いただく必要があります。
3.免税事業者等からの仕入税額控除の引き下げ（70%控除へ）
インボイスを発行できない免税事業者等からの課税仕入れに係る経過措置について、本年（令和8年）10月1日以後に開始する課税期間より、控除可能割合がこれまでの80%から「70%」へと引き下げられます（その後、段階的に50%、30%と引き下げられます）。
また、1つの免税事業者等からの課税仕入れ合計額が、その年または事業年度で1億円を超える場合、超過部分についてはこの控除が適用できなくなります。
経理担当者の皆様は、10月以降の会計ソフトの入力方法の設定変更や、控除割合の確認漏れが生じないよう、社内の運用ルールを今一度見直していただくことをお勧めいたします。
インボイス制度の改正に伴い、事前の届出や有利不利の判定など、専門的な判断が必要な場面が増えてまいります。
会計処理の変更や今後の税負担に関するシミュレーションなど、インボイス制度に関してご不明な点がございましたら、当法人までお気軽にお問い合わせください。
税務、経理でお困りなことがありましたら、お気軽に
品川区五反田のミネルバ税理士法人にご連絡ください。
